Dass die Tongji-Universität aus einer Fachhochschule für Medizin hervorging, merkt man ihr an ihrer technisch- naturwissenschaftlichen Ausrichtung noch heute an. Neben Bauingenieurwesen, Medizin und Architektur mag das German Department an der Universität geradezu exotisch anmuten. Es sei denn, man weiß, dass es zwei deutsche Ärzte waren, denen die Hochschule ihre Existenz verdankt.
Im Jahr 1899 gründete die deutsche Ärztevereinigung in Shanghai, damals bestehend aus den zwei Mitgliedern Erich Paulun und von Schab, ein kleines Krankenhaus, in dem arme Chinesen behandelt werden sollten. Obwohl das Tung-Chi Hospital an der Fenyang Lu zunächst lediglich aus zwei Wellbleckbaracken bestand, genoss es bei der Bevölkerung schnell einen so guten Ruf, dass durch Spenden bald ein zweistöckiger Bnacksteinbau errichtet werden konnte, der eine Poliklinik und zwölf Krankenzimmer beherbergte.
Nach dem Abriss des Gebäudes 1920 entstand zwischen 1923 und 1927 das neue Paulun-Hospital, das bis heute als Krankenhaus genutzt wird, auch wenn die Fassade bei einem Umbau 1991 komplett verändert wurde.
1907 gründete Erich Paulun am Hospital die “Deutsche Medizinhochschule für Chinesen”, an der viele deutschsprechende Ärzte und deutsche Professoren tätig waren.
Seit 1912 wurden neben Medizin auch die Fächer Maschinenbau und Elektrotechnik gelehrt, die Hochschule in “Tongji Medizin - und Ingenieursschule” umbenannt. Die Zeichen des chinesischen Namens bedeuten soviel wie “gemeinsam in einem Schiff einen Fluss überqueren”, auch das offizielle Siegel der Universität zeigt ein Schiff, das von mehreren Personen gerudert wird.
Nachdem die deutsche Universität ihren Lehrbetrieb während des ersten Weltkriegs hatte einstellen müssen, in welchem die meisten der rund 3.500 in China lebenden Deutschen ausgewiesen worden waren, eröffneten neue deutsche Dozenten und Tongji-Absolventen außerhalb der Innenstadt in Wusong eine neue Hochschule, der 1927 der rang einer Universität verliehen wurde. Die von dem Architekten Erich Oberlein errichteten Gebäude erlitten während des zweiten Weltkrieges jedoch schwere Schäden durch japanische Bomben.
Egon Erwin Kisch beschrieb das Gelände in “China geheim” 1933: “Eine Fliegerbombe wurde in die Maschinenhalle geworfen, aus Schiffsgeschützen ins Physiologische Institut gepfeffert, ins Auditorium Maximum, in die Klinik und in die Dozentengebäude. In der Mitte des Fußballplatzes sind jetzt zum Scherz und dennoch mit deutscher Gründlichkeit alle Granathülsen aufgestellt wie Kegel.”
Nach der Gründung der VR China 1949 wurde die Universität verkleinert, die Medizinwissenschaften kehrten erst in den 90er Jahren an die Tongji zurück.